但是总理大臣在选取阁僚的时候，军部大臣要得到陆海军的同意，如果陆海军拒绝推荐，内阁就不能成立。
由于“军部大臣武官制”的规定，所以军部大臣只能从陆海军内部选择，这就使得被推荐的总理大臣人选在要求军部推荐军部大臣时，不得不对陆海军做出一定的妥协，否则就会面临着组阁困难甚至失败的命运。
近代日本在进行组阁的时候，多次面临组阁困难的情况，军部有时以陆军大臣相威胁，有时以海军大臣相威胁，但是在大多数情况下，内阁和军部之间总能达成妥协，这说明内阁和军部之间的关系以合作为主，矛盾次之。
同时，组阁失败的教训说明，无论对军部大臣的要求如何，军部大臣的人选都要得到军部的同意，否则的话即使有些将领符合军部大臣的条件，也无法担任军部大臣。
军部既然可以在组阁之时威胁内阁，那么在内阁运营之中，内阁与军部的矛盾也会经常出现，有些矛盾可以调和，但有些矛盾无法调和，结果便是军部大臣辞职而不推荐后者，导致内阁瓦解。
尤其是在组阁之初，就和军部大臣之间发生矛盾的内阁，这样的内阁可以说在运营之初，就埋下了阻碍内阁统一的隐患，所以在内阁运营中也要处处留意和军部大臣之间的关系，稍有不慎，内阁就会瓦解。
虽然有因“军部大臣武官制”倒台的内阁，但这样的内阁毕竟是少数，大多数内阁的倒台并不是因为军部大臣的原因。
这也说明军部大臣和内阁之间虽然有冲突，但双方在很多情况下都能找到妥协点，双方的关系仍以合作为主。
第三、国家政策向军国主义的方向倾斜。陆海军拥有“军部大臣武官制”这一“杀手锏”，经常以此为要挟与内阁之间进行讨价还价，这也使得内阁为了维持运转，有些时候也不得不承认军部的要求，尤其是军费方面。
此时，“军国主义作为国家政策的指导精神是比较适当的。政策过于重视军事，使其沿着军国主义政策的倾向也是理所应当的。”
可以说，原敬内阁在推动近代日本政党政治发展的同时，也“成就”了日本的军国主义，“造就”了政党政治的掘墓人。这不得不说是近代日本的悲剧。
第四、军人政治家层出不穷。按照“军部大臣武官制”的规定，军部大臣代表军部利益，不随内阁的更迭而更迭，只要军部同意，可以一直连任下去。
自1885年12月内阁制度创设以来，军部大臣和内阁一起更迭的次数非常少，大部分情况下都是留任的。
从这点来看，这和西方的责任内阁制是有很大不同的。由于军部大臣留在内阁就必须要参加内阁会议，干预国家的政务，这对于长期留任军部大臣的人来说，是培养自身政治意识、积累政治经验的好机会。
如此，也会激发一部分军人的政治野心，之后的桂太郎、山本权兵卫、斋藤实、寺内正毅等人皆是如此。
第五、军部政党化的危险。军部大臣在多届内阁留任，可以培养自身的政治意识，但是如果在政党组阁的内阁中担任军部大臣，久而久之，一部分军部大臣也会出现亲政党的倾向。
近代日本军界的桂太郎、田中义一等人直接加入政党、宇垣一成、山本权兵卫等人，虽然没有加入政党，但是与政党之间保持着密切联系，都说明了这种情况。
桂太郎在运营第三次内阁期间，组建了属于自己的政党。桂太郎作为继山县有朋之后长州阀陆军的二号人物，居然自己组织政党，可以看出，当时陆军内部的亲政党倾向以及政党的影响力。
桂太郎认为：“立宪之要义，在于使内阁大臣辅弼之责明了化。但一直以来的惯例是内阁外的元勋私自议论政治，由此产生的问题是，一方面是有累及元老之过，另一方面作为阁臣忘记了自身的本领，对比深表遗憾。在今日之形势下，再继续以上习惯已经和立宪之本义不相容，故革除其弊端为眼下之急务。”
因此，桂太郎走上了组织政党的道路。在原敬政友会内阁担任陆军大臣的田中义一，后来成为了政友会总裁。
长期在政党内阁时期担任陆军大臣的宇垣一成，也和政党之间保持着密切的联系，但这也成为后来陆军反对他组阁的一个重要原因。
第六、二重统制的矛盾性特征。军部大臣拥有国务大臣和主任大臣的双重身份，不同职位的背后，体现了不同的决策立场。
这就使得他们必须要调和内阁和陆海军省之间的矛盾。但有些事情是很难调和的，如果军部大臣在军部具有强有力的威望和统率力的话，或许还能达成妥协，如果军部大臣缺乏政治能力，又缺乏统率力，那只能夹在中间，左右为难。
第一次山本权兵卫内阁时期在修改军部大臣官制问题，时任陆军大臣的木越安纲同意修改，虽然当时陆军省的很多官员都持反对意见，但军部大臣官制最终得以修改。
然而，木越此举得罪了陆军，官制修改之后不久木越就辞职了。冈田启介内阁时期，也曾经发生过原本在内阁会议上达成的事情，但后来由于陆军省的反对，时任陆军大臣的林铣十郎修改了原决议。
第七、军部大臣的政治能力成为问题。军部大臣作为国务大臣，他们要参与内阁会议，讨论国家的大政方针政策。
在明治时期的军部大臣，这些人都是明治维新的功勋者，也都经历过甲午中日战争以及日俄战争，大都能站在国家全局角度来观察问题。
但是到了大正、昭和前期，这时候的军部大臣大都是军校毕业者，由于日本军校教育的狭隘性特征，再加上这些人基本上没有经历过战争，所以视野领域也不是很开阔，往往不具有政治能力和长远的战略眼光。
以陆军为例。明治时期的军部大臣，如桂太郎、儿玉源太郎、寺内正毅等人，都是有名的军人政治家，有非凡的战略眼光。
但是大正之后到昭和前期的陆军大臣，如冈市之助、荒木贞夫、川岛义之等人，要么是秘书官性质的存在，要么具有很强的演说能力，要么就是缺乏自主性，容易被下属的意志所操控等等，都缺乏务实的政治能力。
大正、昭和前期，多数陆军大臣不具备政治能力，不能很好的履行自身的职责和义乌，大多都是“传声筒”性质的存在。
田中义一可以算是大正时期比较有能力的一位陆军大臣，但是其在处理和参谋本部关系的时候，也要依靠元老山县有朋的威望去压制参谋本部的部分要求，这充分显示了大正、昭和前期陆军大臣政治能力的低下。
总之，“军部大臣武官制”对近代日本的发展产生了极为恶劣的影响，是近代日本选择“强兵富国”路线的重要表现，也是近代日本延续了“以武立国”思想的重要体现，更是近代日本军国主义势力猖獗的重要原因所在。
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